Respuesta:
El naturalismo metafísico es la afirmación de que no existe nada más que el mundo natural. Hay variaciones sustanciales en los puntos de vista naturalistas, pero todos coinciden en que no existe la intervención de una fuente sobrenatural, no hay posibilidad de milagros y no hay inteligencia ni finalidad más allá de la del propio universo. Para la mayoría de los que sostienen este punto de vista, el naturalismo metafísico es idéntico al materialismo, la creencia de que la materia y la energía son, en última instancia, todo lo que existe.
El naturalismo metafísico es fundamentalmente distinto del naturalismo metodológico, un planteamiento general para explicar las observaciones. El naturalismo metodológico, como su nombre indica, es una técnica—un método—utilizada en la investigación y la evaluación, especialmente en la ciencia. Por ejemplo, al tratar de explicar por qué el agua se expande cuando se congela, los investigadores buscan un mecanismo físico. Existe la suposición de que las cosas mundanas generalmente se explican por mecanismos naturales, y la exploración generalmente apoya esa idea.
Contrariamente a lo que afirman algunos naturalistas, la utilidad del naturalismo metodológico en la mayoría de las situaciones prácticas no prueba el naturalismo metafísico. En filosofía, la metafísica es la categoría que describe la naturaleza real del universo. Una afirmación metafísica es una sugerencia sobre cómo "son realmente" las cosas. El naturalismo metafísico consideraría que la afirmación "no existe nada más que materia y energía" es una afirmación de la realidad absoluta. Intentar llegar a esta conclusión basándose en el uso común del naturalismo metodológico es irracional.
Como paralelismo, considera a un hombre en un submarino de una sola persona en el fondo del océano. Se queda dormido y, al despertarse, encuentra en su diario palabras que no recuerda haber escrito. La explicación más "natural" es que o bien se olvidó de escribirlas o está sufriendo una crisis nerviosa. La sugerencia de que alguien se coló en su submarino, a miles de metros bajo el agua, parece imposible de cuadrar con lo que él sabe. Por tanto, tiene sentido suponer una explicación más "natural", al menos hasta que aparezcan más pruebas. Esa es la esencia del naturalismo metodológico. Siguiendo esa línea de pensamiento, el hombre del submarino intentaría reconstruir la información para ver cuándo o cómo podría haber escrito algo y no recordarlo.
Sin embargo, si las palabras del diario estaban escritas con bolígrafo rojo, y todo lo que el hombre tiene a bordo del submarino son lápices, la historia es distinta. Si al registrar el pequeño submarino no se encuentran bolígrafos rojos, la idea "antinatural" de que alguien entró robando desde el exterior no está del todo descartada. La ausencia de bolígrafos rojos no prueba de forma absoluta la existencia de un intruso, pero, tarde o temprano, la acumulación de pruebas podría dejarla como única opción lógica. Seguir buscando una explicación más "natural", al tiempo que se es consciente de que una investigación más profunda podría implicar la existencia de un intruso, sigue siendo acorde con el naturalismo metodológico.
Por otra parte, si el hombre rechaza absolutamente la posibilidad de un visitante y obliga a que todas las pruebas se expliquen de conformidad con ese axioma, está tomando el camino del naturalismo metafísico. En ese caso, el hombre del submarino parte de una conclusión—no hay forma posible de que alguien más pueda entrar aquí—e interpreta sus observaciones en consecuencia. Eso sería especialmente irracional si encontrara pruebas incompatibles con su suposición "natural", como el anillo de boda de otra persona tirado en el suelo. Cuantas más pruebas vea de que otra persona ha estado en su submarino, menos razonable sería seguir afirmando simplemente: "Bueno, eso no puede ocurrir, así que estas pruebas tienen que significar otra cosa" (ver Proverbios 18:17).
La clave para separar el naturalismo metodológico del naturalismo metafísico se resume en una cita del detective de ficción Sherlock Holmes:
"Cuando has eliminado todo lo que es imposible, lo que queda, por improbable que parezca, debe ser la verdad" ((Sir Arthur Conan Doyle, "The Adventure of the Blanched Soldier", 1926 - Traducción propia).
Al explorar temas como el origen de la vida o del propio universo, las explicaciones naturales acaban quedándose cortas. En esos casos, es perfectamente racional proponer algo más allá de lo natural como explicación.
La Biblia contradice obviamente la idea del naturalismo metafísico (Salmo 14:1), pero apoya el naturalismo metodológico. Contrariamente a lo que podría pensar la cultura popular, la Escritura no propone que los milagros sean sucesos frecuentes. Más bien, indica que Dios ha intervenido abiertamente en la historia solo en raras ocasiones y únicamente para demostrar o probar algún mensaje divino. La idea de que Dios permite mayoritariamente que la creación funcione según reglas coherentes (metodológico) no significa que no pueda intervenir o no lo haga (metafísico). De hecho, la creencia de que el universo funciona según reglas coherentes y fiables—permitiendo el naturalismo metodológico—fue un concepto exclusivamente judeocristiano que impulsó el desarrollo del método científico.